松前藩（館藩）／松前家１万石：松前修広 正義隊の藩政掌握により新政府軍へ寝返った松前藩

上山藩／松平家３万石：松平信庸 奥羽越列藩同盟に与して久保田藩を攻めた上山藩

新庄藩／戸沢家６万石：戸沢正実 戊辰戦争では庄内藩の攻撃で落城した新庄藩

本荘藩／六郷家２万石：六郷政鑑 奥羽越列藩同盟からいち早く脱退し新政府軍に従った本庄藩

久保田藩（秋田藩）／佐竹家２０万石：佐竹義堯 戊辰戦争では新政府軍として奥羽越列藩同盟軍と徹底交戦した久保田藩

七戸藩（盛岡藩支藩）／南部家１万１千石：南部信民 南部藩宗家と共に戊辰戦争を闘ったため減封された七戸藩

石川藩／本多家１万石：本多忠利 三河国挙母藩への移封にて廃藩

大久保藩／本多家１万石：本多政利 藩政不届きにより幕末前に改易

会津藩／松平家２３万石：松平容保 戊辰戦争最大の激戦地で白虎隊の悲劇が起こった会津藩

常陸宍戸藩（水戸藩支藩）松平家１万石：松平頼徳 天狗党の乱鎮圧に失敗して切腹 改易された宍戸藩

笠間藩（越後国長岡藩支藩）／牧野家８万：牧野貞寧 長岡藩とは別行動を取り会津藩攻撃にも加わった笠間藩

勝浦藩／大岡家２万石：大岡忠光 武蔵国岩槻藩へ加増転封のため飛地となり廃藩

百首藩（造海城）／松平家１万５００石：松平重則 下野皆川へ移封のため廃藩

金山藩／松平家２万５千石：松平忠頼 遠州浜松藩へ移封のため廃藩

村上藩／内藤家５万石：内藤信美 庄内藩と共に新政府軍に抗戦するも降伏

甲府新田藩／柳沢家３万５千石：柳沢時睦 本藩の大和郡山藩移封に伴い越後三日市藩を立藩し廃藩

徳美藩／伊丹家３万５千石：伊丹勝守 藩主自刃のため領地没収の上改易・廃藩

谷村藩／秋元家１万８千石：秋元喬知 川越藩へ移封のため廃藩

鳥羽藩／稲垣家３万石：稲垣長行 鳥羽・伏見の戦いでは旧幕府軍として戦うもほどなく新政府に恭順した鳥羽藩

伊賀上野藩／筒井家２０万石：筒井定次 外様大名の筒井氏が政務怠慢により改易された伊賀上野藩

松坂藩／古田家５万５千石：古田重治 古田氏が浜田藩へ移封のため紀州藩領となり廃藩

津藩（安濃津藩）／藤堂家２７万９５０石：藤堂高潔 鳥羽・伏見の戦いでは形勢不利となった旧幕府軍を突如攻撃した津藩

神戸藩／本多家１万５千石：本多忠貫 譜代大名だが幕末時は特に目立つことなく版籍奉還を迎えた神戸藩

伊勢亀山藩／石川家６万石：石川成之 譜代大名のため佐幕派・尊皇派に割れた亀山藩

桑名藩／松平家１１万３千石：松平定敬 函館戦争まで新政府軍に抵抗した桑名藩主松平定敬

長島藩／増山家２万石：増山正修 伊勢国内の大部分が新政府軍に降ったため恭順した長島藩

大垣藩／戸田家１０万石：戸田氏共 鳥羽伏見の戦い後に恭順し戊辰戦争では新政府軍として参戦した大垣藩

田野口藩（竜岡藩五稜郭）／松平家１万5千石：松平乗謨 函館五稜郭と並び龍岡五稜郭を築城した龍岡藩

上田藩／松平家５万３千石：松平忠礼 新政府軍に与して北越戦争や会津戦争に参戦した上田藩

小諸藩（越後国長岡藩支藩）／牧野家１万５千石：牧野康済 赤報隊と戦闘し新政府に罰せられた小諸藩

松本藩／松平家6万石：松平光則 天狗党の乱・北越戦争・会津戦争へ参戦した松本藩

飯田藩／堀家１万5千石：堀親義 佐幕派の家臣を新政府に差し出し恭順した飯田藩

高遠藩／内藤家3万3千石：内藤頼直 新政府軍に与して北越戦争・会津戦争に参戦した高遠藩

敦賀藩（小浜藩支藩）／酒井家１万石：酒井忠経 本家小浜藩と違い一貫して新政府軍に与した敦賀藩

丸岡藩／有馬家5万石：有馬道純 いち早く新政府軍に恭順して家名を保った丸岡藩

富山藩（加賀藩支藩）／前田家１0万石：前田利同 加賀藩宗家から迎えられた最後の藩主前田利同

姫路藩／酒井家１５万石：酒井忠邦 最後まで徳川家に忠節を貫いたことで朝敵とされ追討軍まで編成された姫路藩

淡路洲本藩／稲田家１万４千石：稲田邦植 幕末には徳島藩とは別に新政府軍に従い一層溝が深まった淡路洲本城代稲田家

竹田藩／赤松家２万２千石：赤松広秀（斎村政広）関ヶ原の戦いの地方戦で鳥取城を攻めるも城下が火災に包まれた責を負い切腹となり廃城

出石藩／仙石家３万石：仙石政固 幕府から家老を押し付けられたがこれを切腹 新政府軍に属した出石藩

明石藩／松平家８万石：松平直致 譜代大名の関係で鳥羽・伏見の戦いでは幕府軍として参戦するもその後新政府に恭順した明石藩

赤穂藩／森家２万石：森忠儀 赤穂浪士で有名な浅野家改易後森家が入封し幕末明治を迎えた赤穂藩

龍野藩／脇坂家５万１千石：脇坂安斐 譜代大名となるが戊辰戦争では姫路藩攻撃や北越・会津戦争に参戦した龍野藩

丹後田辺藩（舞鶴藩）／牧野家３万５千石：牧野弼成 戊辰戦争では新政府軍として参戦した田辺藩

宮津藩／松平家７万石：松平宗武 鳥羽・伏見の戦い以降西園寺公望の山陰鎮撫使に降伏した宮津藩

岡山藩／池田家３１万５千石：池田章政 新政府軍に与し関東・東北・函館戦争まで藩兵を派遣した岡山藩

備中松山藩／板倉家５万石：板倉勝静 老中主座を務めた藩主自ら函館五稜郭まで転戦した備中松山藩

庭瀬藩／板倉家２万石：板倉勝弘 戊辰戦争では伊予松山藩攻めにも参戦した庭瀬藩

足守藩／木下家２万５千石：木下利恭 備中松山藩討伐軍に加わり大坂で適塾を開いた緒方洪庵を排出した足守藩

長州藩（萩藩、毛利藩）／毛利家３６万石：毛利元徳 鳥羽・伏見の戦いを制し戊辰戦争を戦い抜いた長州藩

岩国藩（長州藩支藩）／吉川家３万石：吉川経幹 四境戦争では芸州口で幕府軍を撃退した岩国藩

広島藩（芸州藩）／浅野家４２万６千石：浅野長訓 軍を京都に送るも鳥羽・伏見の戦いには参戦しなかった広島藩

備後福山藩／阿部家１０万石：阿部正桓 函館戦争に参加し榎本脱走軍と戦った福山藩

鳥取藩／池田家３２万５千石：池田慶徳 戊辰戦争では新政府に与し河田左久馬・北垣晋太郎らを輩出した鳥取藩

中村藩（土佐藩支藩）／山内家３万石：山内豊明 病気による若年寄辞職で将軍徳川綱吉の怒りを買い廃藩

土佐藩（高知藩）／山内家２０万２６００石：山内豊信（容堂）鳥羽・伏見の戦いから会津戦争など戊辰戦争を戦い抜いた土佐藩

宇和島藩／伊達家１０万石：伊達宗城 蒸気船を建造するなど西洋技術をいち早く取り入れたが戊辰戦争では新政府寄りの中立を保った宇和島藩

伊予松山藩／松平家１５万石：松平定昭 鳥羽・伏見の戦いで旧幕府軍についたため朝敵となり追討軍を送られた松山藩

西条藩（紀州藩支藩）／松平家３万石：松平頼英 御親藩支藩にも関わらず早くから新政府軍に属し戊辰戦争に参戦した西条藩

川之江藩／一柳家２万８千石：一柳直家 病死のため末期養子を届けるも所領を没収された川之江藩

阿波徳島藩／蜂須賀家２５万７千石：蜂須賀茂韶 佐幕派と尊皇派で藩論が割れて新政府軍への協力が縮小された徳島藩

今治藩／松平家３万５千石：松平定法 早くから新政府軍に従い江戸や会津征伐まで参戦した今治藩

土佐新田藩（土佐藩支藩）／山内家１万３千石：山内豊誠 本藩とともに戊辰戦争を戦ったため恩賞を下賜された土佐新田藩

飫肥藩／伊東家５万１千石：伊東祐相 新政府軍に与して二条城や甲府城の守備を務めた飫肥藩

佐土原藩（薩摩藩支藩）／島津家２万７千石：島津忠寛 薩摩藩と共に上野戦争や会津戦争に参戦した佐土原藩

高鍋藩／秋月家２万７千石：秋月種殷 幕末では特に大きな動きがなかった高鍋藩

延岡藩／内藤家７万石：内藤政挙 鳥羽・伏見の戦いでは旧幕府軍に付いたため朝敵とされた延岡藩

人吉藩／相良家２万２千石：相良頼基 軍制改革を行い薩摩藩と共に会津攻撃に加わった人吉藩

宇土藩（熊本藩支藩）／細川家３万石：細川行真 高瀬藩と共に本藩に従い新政府軍として従軍した宇土藩

熊本藩（肥後藩）／細川家５４万石：細川護久 藩論が割れたが最後は新政府軍に加わり横井小楠を輩出した熊本藩

福江藩（五島藩）／五島家１万５千石：五島盛徳 上洛要請により上京し新政府軍に従った五島藩

島原藩／松平家６万５千石：松平忠和 島原の乱を経て幕末には新政府軍に属し秋田や盛岡まで参戦した島原藩